微波應用設備可在食品殺菌、保鮮、干燥、熟化、烘烤、膨化、改性、加速化學反應等方面發揮積極的作用，特別是在食品殺菌保鮮方面的作用更加受人關注。應用微波技術處理食品具有快速、高效、節能、加熱均勻、溫度低、無污染、易自動化操作等優點，并可有效的保存食物中的色香味和營養成分。

　　1、有些微波設備企業的制造技術不成熟。技術不過關，制造出的微波設備發生微波泄漏問題，既起不到對食品殺菌保鮮的作用，還會對操作工人的身體健康產生危害。

　　2、有些微波設備企業夸大宣傳。對客戶（食品生產企業）宣稱，只要采用了微波處理食品，就可達到殺菌保鮮的效果，把微波設備說成“包治百病”的工具。而事實情況并非如此，不少食品企業使用微波設備后，并沒有獲得預期的微波殺菌保鮮效果，原因是這些微波設備企業沒有根據不同食品的特性，向客戶提供相應的微波殺菌工藝。因為不同食品所需的殺菌工藝并不相同，且有些食品并不適合使用微波殺菌保鮮，如葡萄糖粉等含糖量很高的食品就不宜采用微波處理，否則會被燒煳。

　　3、未能為客戶量身定做微波設備。對食品殺菌保鮮和干燥而言，微波設備應該是一種非標機械設備，對于不同的食品，微波設備應在微波功率、磁控管排布等方面作不同的設計。殺菌時間的設定也很重要，利用微波對同樣的食品分別處理2分鐘和3分鐘，殺菌效果可能相差很大，有時會相差數倍。但有些微波設備生產廠家由于自身的技術水平不高或嫌麻煩，不愿意根據客戶所產食品的實際情況來設計、制造，而是提前根據自己的設想做好一批相同的規格的微波設備，然后對不同的客戶都稱“其微波設備可保證對不同的食品起到良好的殺菌保鮮和干燥效果”。

　　4、沒有針對性的投放市場。目前，國內有100多家微波設備生產企業，大量沒有針對性的微波設備投放市場，由于不能有效地對食品進行殺菌保鮮、干燥，結果是食品生產企業棄用這些微波設備，既浪費了資源，又給食品企業造成了損失，后果是越來越多的食品企業認為“微波不適合在食品工業中使用”，導致食品企業不相信微波的作用，將不利于微波工業的持續發展。

　　5、利用新概念誤導客戶。有些微波設備生產企業推出“微波+紫外線”的組合設備，聲稱可利用微波和紫外線對食品進行雙重殺菌。其實，這是一種概念的炒作和對食品企業的誤導，因為，利用微波對食品進行處理的時間很短，只有幾分鐘，紫外線的穿透力弱、短時間照射的殺菌效果并不理想，殺菌的有效距離也很短，實際是沒什么效應的。

　　缺乏配套的應用技術服務。一些微波設備廠家缺乏食品工藝、食品微生物、食品原配料等方面的知識和技術人才，不能系統分析食品質量問題發生的原因，不能設計出具有針對性的微波設備及合理的殺菌工藝。食品企業使用這樣的微波設備，自然不能獲得理想的效果。